LONG l = GetWindowLong(hWnd, GWL_STYLEEX); // получаем текущий ExСтиль окна
l |= WS_EX_TOOLWINDOW; // добовляем наш стиль
SetWindowLong(hWnd, GWL_STYLEEX, l); // ставим стиль!

// для начала зарегестрируем отдельный класс для "скрытого" родителя.
// Можно и не делать этого, а воспользоваться классом главного онка!

WNDCLASSEX        WndClass;

char            szClassName[] = "HiddenWindow";

WndClass.style = CS_HREDRAW | CS_VREDRAW;
WndClass.lpfnWndProc = (WNDPROC)ParentWindowProc;
WndClass.cbClsExtra = 0;
WndClass.cbWndExtra = 0;
WndClass.hInstance = hInstance;
WndClass.hIcon = 0l;
WndClass.hCursor = NULL;
WndClass.hbrBackground = (HBRUSH) GetStockObject (GRAY_BRUSH);
WndClass.lpszMenuName = NULL;
WndClass.lpszClassName = szClassName;
WndClass.hIconSm = 0l;

if (!RegisterClassEx(&WndClass))
{
    if (!RegisterClass((LPWNDCLASS)&WndClass.style))
    {
        MessageBox(NULL, "Can't register the class", "Error", MB_APPLMODAL | MB_ICONSTOP);
        return; // или "return 0;" Смотря что надо вернуть
    }
}

// Так как каждому классу надо поставить обработчик сообщений, то делаем это:

LRESULT CALLBACK ParentWindowProc (HWND hWnd, UINT uMessage, UINT wParam, LONG lParam)
{
    return DefWindowProc(hWnd, uMessage, wParam, lParam);
}

// Теперь надо создать по этому классу окно

HWND hWndParent = CreateWindow (szClassName, "Hidden Window by SUnteXx",
                        WS_THICKFRAME | WS_BORDER | WS_EX_TOOLWINDOW,
                        -31000,
                        -31000,
                        -30900,
                        -30900,
                        NULL, 
                        NULL,
                        hInstance, 
                        NULL);

// Теперь необходимо поставить родителя нашему главному окошку

LONG l = SetWindowLong(hWnd, GWL_HWNDPARENT, (LONG)hWndParent); // l будет равен указателю на старый родитель (или 0)!

// Если главное окно создаем после создания "скрытого" окна, то можно сразу при создании указать нашего родителя!