У каждого свои достоинства и недостатки:
UPX - по МОЕМУ опыту, работает далеко не всегда, хотя сжатые им ехе'шки ВРОДЕ БЫ ни с чем не конфликтуют;
ASPack - программа платная;
PEcompact - упакованная им программа иногда конфликтует, например, с WinAmp'ом 3, а также прочим популярным софтом.